光谱校准文件生成（进行光谱校准操作）后，将在样品检测过程中应用，以计算光谱重叠，并将原始荧光信号分离成单个颜色信号。必须对每台初次安装或者初次使用的仪器生成光谱校准文件，并且在每次更换毛细管之后需要进行空间校准再光谱校准。在对系统进行任何重大维护（如更换激光器、更换相机或在 STR 结果中观察到光谱分离度降低）之后，也应进行光谱校准。我们还建议在仪器搬动到新的位置之后，也需要重新进行光谱校准。

在同一台仪器上生成不同的光谱校准文件之后，不需要重新对原先使用的光谱校准文件进行重复校准，不同的光谱校准文件之间不会相互干扰（以不同的文件名存在），一台仪器上可以有多个光谱校准文件存在，每次分析时调用对应的光谱校准文件。例如先用测序系统的matrix校正，再用GenePrint^®的matrix校准，下一次使用测序系统不需要重新校准，直接调用相应的光谱校准文件即可。