1. 过量的DNA。在25μl反应体积中，模板量大于1.0ng可导致不平衡，片段较小的位点优势扩增。使用较少的模板或更少的循环数。

2. 降解的DNA样本。当DNA模板降解，较大的位点会产量下降。

3. 模板DNA不足。如果有的话，使用推荐量的模板DNA。当模板量低时，会产生随机效应。

4. 模板DNA不纯。在法医样本中可能存在的抑制剂会导致等位基因缺失或失衡。等位基因缺失或峰值过低更常出现在无水体系和小体系反应中。

5. 各方面的平衡问题。第一次使用时，应完全溶解5X Primer Pair Mix和5X Master Mix。在使用前震荡混匀15秒。混合后，不要再将5X Primer Pair Mix 和 5X Master Mix 的混合液离心。定期校准热循环仪和移液器。

6. PCR扩增混合液没有充分混匀。将PCR扩增混合液分装到反应管或平板之前，应将其漩涡振震荡5-10秒。