1. 扩增的非特异峰。过量的纯化模板会引起更多的非特异峰。建议使用推荐量的模板。如果选择小体系扩增，模板量需要被优化。

2.  扩增产物被扩增级的水稀释。推荐提取后进行定量后再进行扩增，以优化目标模板。如果必须稀释扩增产物，使用PCR缓冲液，例如1X Master Mix。使用PCR缓冲液在进样过程中能起到一定的缓冲作用。

3. 被其他模板DNA或先前存在的扩增产物污染。可能存在交叉污染，应该使用防回吸加样枪头，并及时更换手套。
4. 样品变性不完全。在电泳之前，按照建议的时间将样本充分变性，并迅速置于碎冰、冰板或者冰水浴中充分冷却，然后及时上样电泳。不要把样品放在设置为4℃的扩增仪冷却，这样可能使DNA复性而出现非特异性带。
5. 不要长时间保存PCR扩增混合物。准备好混合物后，立即将混合物添加到反应板的孔中。
6. 在电泳过程中双链DNA的迁移速率要大于单链DNA。影子峰的出现，尤其是在距离杂合子主峰等距离处出现的影子峰，提示可能由于变性不完全或进样后复性导致双链DNA的出现。
7. STR扩增的杂峰。由于STR扩增时的3'端加A不完全，可能在主峰前出现一个比主峰少一个碱基的影子峰。

• 确保热循环后60℃再延伸10分钟。
• 减少DNA模板量。使用大于推荐量的DNA模板会使加A不完全。
• 减少循环数。
• 增加再延伸的时间。

8. 电泳相关的杂峰（尖刺峰）。微小的电压变化或者经过激光源时的晶体可能会引起“尖刺峰”或者意外峰出现。尖刺峰有时会出现在一个荧光通道中，但经常在多个荧光通道中出现。应重新电泳样本。
9. 拉升或渗透。当峰值过高或应用与样本的Matrix质量不高或不正确时，就会产生拉升现象。

• 需要进行一次新的光谱校正，然后重新电泳样品。
• 不同的仪器灵敏度会有所差异，需要优化进样条件。
• 重新启动3500或者3500xl遗传分析仪和相连的电脑。重新进行光谱校正。在3500或者3500xl遗传分析仪进行光谱校正电泳时设置为不能借用。

10. 利用新鲜的甲酰胺重新准备样品。将扩增产物长时间保存在甲酰胺里会导致杂峰出现。
11. 电泳使用的聚合胶超过保质期，或者将聚合胶在室温放置时间超过一个星期。
12. 按照用户使用手册推荐的操作，每天或每周进行仪器的维护。
13. 胶引起的杂峰。不同的胶有不同的迁移速率及位点位置，如果不使用产品说明书中对应的胶类型，需要经过实验室内部优化和验证。