1. 模板DNA纯度不够。由于模板DNA量很少，该问题较少见。不同的检材类型和提取方法，抑制物会残留在样本中。等位基因缺失或峰值过低更常出现在加入最大DNA模板量的体系和小体系反应中。
2. 模板量不足。使用推荐的模板量。
3. 高盐或者pH改变。如果模板保存在TE缓冲液或者pH值不是8或者高浓度的EDTA,模板量不超过反应体系的20%。在模板中的K⁺, Na⁺, Mg²⁺ 或者EDTA过量会抑制DNA扩增。改变pH值也会影响扩增效果。建议把DNA保存在TE-4缓冲液（10mM Tris-HCl [pH 8.0], 0.1mM EDTA），含20µg/ml糖原的TE-4缓冲液或者去核酸水中。等位基因缺失或峰值过低更常出现在加入最大DNA模板量的体系和小体系反应中。
4. 使用前未将Master Mix充分混匀。将5x Master Mix加到PCR扩增混合液里之前应将其漩涡振荡15秒以便充分混匀。
5. 反应管底中有气泡。扩增前请用移液器或离心将管中气泡去除。
6. 热循环仪、平板或离心管问题。根据说明书推荐的热循环仪设置程序，我们没有测试过其他品牌的反应管、反应板及热循环仪。必要的话，需要矫正热循环仪的加热模块。
7. 引物浓度过低。使用推荐的引物浓度。使用前，须将5xPrimer Pair充分振荡15秒。
8. 电泳进样不好(内标峰值也不好)。重新进样，检查注射器有无漏胶，检查激光源。
9. 样本变性不完全。在电泳之前，按照建议的时间将样本充分变性，然后迅速置于碎冰上充分冷却，及时上样电泳。不要将样品放在设置为4℃的热循环仪中进行冷却，这可能会导致DNA复性而出现杂峰。
10. 所用的甲酰胺的质量不好。分析样本时，只可使用Hi-Di™甲酰胺。