1. Ladder与引物对混合物不匹配。确保Ladder与引物对混合物来自同一个试剂盒。
2. 所用甲酰胺的质量不好。分析样本时，只可使用Hi-Di™甲酰胺。
3. 确保Ladder与样本在仪器的同一个run中进行。
4. 毛细管电泳多次后，会发生样本的轻度偏移。这可能是由于多次电泳后，毛细管柱温会发生改变。使用不同时间电泳的Ladder分析样品。
5. Ladder进样较差。在电泳时,同一个run可多跑几个Ladder。
6. 分析内标不正确。重新分析内标，如有必要可根据内标片段的大小进行手动标记及更正。