ProAlanase, 蛋白质组学研究中胰蛋白酶的最新替代品

ProAlanase是一种内切蛋白酶，优先切割蛋白中脯氨酸C末端，其次切割丙氨酸。从黑曲霉中分离纯化的ProAlanase也被称为An-PEP或EndoPro。用ProAlanase消化蛋白质得到的多肽适合于质谱鉴定和表征。

用胰蛋白酶消化通常提供不完整的序列覆盖或翻译后修饰的缺失鉴定。与胰蛋白酶一样，其他蛋白酶如Lys-C、Asp-N、Glu-C和Arg-C也会在带电荷的残基上裂解，从而使蛋白质中被消化的区域产生偏向。ProAlanase是最新的解决方案，它在蛋白质组中独特的、非带电的位点上裂解。

有关ProAlanase在古蛋白质组学、磷酸化谱、de-novo测序和二硫键图谱研究中的应用的更多数据，请参见海报“A Proline- and Alanine-specific protease is complementary to trypsin in proteomics applications”。

ProAlanase 的 C 端特异性切割。在 37℃、pH1.5 的条件下以酶：底物 1：100 的比例，用 ProAlanase 消 化 MS Compatible Human Protein Extract, Intact（目录号 V6941）2 小时。以 C18 柱纯化来终止消化。在 Thermo Scientific™ Q Exactive™ Plus Hybrid Quadrupole-Orbitrap™ 质谱仪上通过 LC-MS/MS 对多肽进行分析。在未指定酶 的情况下，再使用 Byonic™ 软件（Protein Metrics）搜索数据。切割主要发生在脯氨酸和丙氨酸残基的 C 端。

最佳消化PH值为1.5

通过大分子肽鉴定和高脯氨酸特异性的最佳组合，可以观察到在pH为1.5时ProAlanase的性能最佳。

蛋白质消化时间短，性能最佳

最佳的消化效率和ProAlanase的特异性通常是观察短时间的消化。较长的消化时间会导致特异性的丧失(左)，而消化效率也没有明显提高(右)。